У Балто и Дженны рождаются шесть щенков. Пятеро — натуральные хаски, как и мать, а шестая, девочка Алу, очень похожа на волка. Вскоре все щенки нашли новых хозяев, и лишь «волчицу» никто не хочет брать, поэтому она остаётся жить с отцом. Лишь спустя год Балто рассказывает Алу, откуда у неё «волчьи корни». Шокированная признанием, Алу сбегает из дома, чтобы найти своё место в этом мире.

Тем временем Балто преследуют странные сны: во́рон и стая волков. И на следующий день после побега Алу, когда он отправляется её искать, ему встречаются эти странные создания: тот самый во́рон, хитрая лисица, насмехающиеся росомахи и разъярённый гризли, пропадающие бесследно.

Закадычные друзья Балто — Борис, Мак и Лак — не сопровождают пса в поисках, понимая, что для отца и дочери это нечто очень личное.

Тем временем Алу, найдя убежище в пещере, знакомится с мышкой-полёвкой Муру, который объясняет ей, что быть полуволком-полусобакой совсем не так уж и плохо. Вскоре отец и дочь воссоединяются, но Алу по-прежнему отказывается возвращаться домой. Балто вместе с ней отправляется в путешествие, ведомый тем самым вороном из снов. У Алу просыпаются необычные способности: например, она смогла прочесть мысли медведя-гризли, который собирался на них напасть.