Действие фильма происходит в 1488 году, семью годами позже событий описанных в первом фильме. Капитан Фебус (Кевин Клайн) и Эсмеральда (Деми Мур) женаты и имеют сына по имени Зефир (Хэйли Джоэл Осмент). Квазимодо (Том Холс) теперь общается с людьми, но также живет в соборе с друзьями-гаргульями: Виктором, Хьюго и Лаверн.

Тем временем, группа воров во главе с Сарушем (Майкл МакКин), приезжают в город под видом бродячего цирка, желая украсть колокол Собора, отделанный изнутри драгоценными камнями. Саруш посылает в Собор свою верную помощницу Маделлейн (Дженнифер Лав Хьюитт), но она сбегает, испугавшись Квазимодо. Квазимодо влюбляется в нее.

Саруш велит Маделлейн подобраться поближе к Квазимодо и отвлечь его на время похищения колокола. Но за время общения она проникается к нему симпатией. Фебус подозревает Саруша в воровстве. Саруш обвиняет в воровстве Маделлейн, которая сама не хочет воровать, но вынуждена делать это.

Маделлейн пытается признаться Квазимодо во всем, но не успевает. Колокол похищают, Маделлейн сажают в тюрьму. Зефир, увидев, как Саруш похищает колокол, следит за ним и попадает в ловушку. Фебус находит Саруша, но тот приказывает ему выпустить его в обмен на жизнь Зефира. Маделлейн спасает Зефира и признается Квазимодо в любви.