Слишком привыкнувшие к комфорту Нью-Йоркского зоопарка животные — лев Алекс, зебра Марти, жираф Мелман и бегемотиха Глория — решают сбежать с Мадагаскара, куда попали в первой части. Починив потерпевший крушение на острове самолёт, они улетают, прихватив с собой короля Джулиана и Мориса (которые полетели с ними, чтобы захватить власть в Нью-Йорке). За ними увязывается Морт. Но горючее кончается уже по пути, и самолёт терпит катастрофу в Африке, Джулиан и Морис при этом вылетают из самолета. При этом во время падения Мелман пробалтывается, что влюблён в Глорию (она не услышала его оттого, что спала). Там они решают побыть, пока пингвины не починят самолёт.

Но вдруг ситуация меняется: Алекс встречает своих родителей, с которыми был разлучён в детстве. Они признают его по родимому пятну на руке(которого не было в первом фильме), и после суток в прайде все четверо решают остепениться в Африке. Оказывается, что раньше Алекса звали Алакей и он любил танцевать ещё в прайде, что очень не нравилось его отцу Зубе. Его поймали браконьеры, но ящик с ним вывалился и приплыл в Нью-Йорк, где его подобрали смотрители зоопарка. А в это время старый враг Зубы, Макунга, из-за которого Зуба и недоглядел за Алексом, решает использовать Алекса, чтобы раз и навсегда избавиться от Зубы и занять его место вожака. Для этого он напоминает, что Алекс не прошёл ритуал вступления во взрослую жизнь — так называемый обряд инициации. Алекс неправильно понял смысл этого обряда (он думал, что это соревнование «кто кого перетанцует») и Макунга подкалывает его сразиться с самым сильным львом прайда — ТиЦе. Алекс, увы, проигрывает, и Зуба, чтобы не изгонять сына самому, отказывается быть вожаком дальше и власть переходит к Макунге. В итоге Алекс решает спасти отца от позора, а заодно поправить репутацию себе.