Фильм начинается с легенды о Планете Сокровищ, которую создал в самом центре вселенной самый страшный из всех пиратов капитан Флинт. Сокровища он спрятал на поверхности ядра планеты. Эту легенду читает (вернее, смотрит, т.к. книга не с текстом, а с голограммой) 4х летний Джим Хокинс, а чуть позже приходит его мама. Проходит 12 лет, Джиму 16 и его выгнали из школы. Однажды он, катаясь на летающем серфере с солнечным парусом, оказывается пойман полицией. Но по возвращении домой, он становится свидетелем крушения звездолёта, и спасает смертельно раненого пришельца Билли Бонса, который отдаёт ему сундук на кодовом замке. В нём оказывается круглый шар, на самом деле являющийся голографической картой галактики, и там Джим видит Планету Сокровищ. Вместе со своим другом доктором Дэлбертом Доблером он решает полететь на её поиски. Его ставят юнгой на корабль, но во время первого серьёзного задания - закрепления спасательных тросов - раскрывается нечто жуткое: весь экипаж, кроме капитана Амелии и старшего помощника мистера Эрроу, на самом деле пираты, а их лидер - киборг Джон Сильвер, служащий на корабле коком и ставший шефом Джима. За время плавания они очень привязываются друг к другу и также выясняется кое-что из прошлого Джима: его отец был солдатом и очень редко бывал дома, видимо, не особо привязанный к сыну. А когда Джиму было 12 лет, он снова уехал и так и не вернулся. А Сильвер почти стал Джиму отцом, что чувствует и сам Сильвер.

Во время закрепления тросов от клешни злого полупаука-полукраба Скрупа погибает мистер Эрроу, и все начинают ненавидеть Джима, кроме Дэлберта и Сильвера. Но однажды Джим вместе с Морфи, маленьким превращающимся любимцем Сильвера, слышит разговор экипажа, и раскрывает его капитану. Они вчетвером совершают побег, и попадают на Планету Сокровищ. Там им помогает робот Б.Э.Н. (биоэлектронный навигатор), хотя они попадают в плен. Сильвер решает уговорить Джима помочь, и они находят сокровища, но быстро теряют их, когда оказывается, что планета заминирована. Пленив почти всех пиратов, они через секретный портал капитана Флинта возвращаются туда, откуда начали - на космопорт.

Амелия и Делберт хвалят Джима, Б.Э.Н. от счастья рыдает ему в плечо, а Сильвер с Морфи по-тихому пробираются к спасательной шлюпке, чтобы удрать. Джим застукивает их, но по собственной воле отпускает. Киборг предлагает юнге улететь с ними, но парень отказывается, сказав, что старый пират научил его идти своим курсом, а не плыть по течению. Сильвер оставляет другу Морфи и горсть сокровищ на восстановление «Бэнбоу», после чего улетает на шлюпке. Спустя некоторое время трактир вновь открывается, заново отстроенный и даже обновлённый. На открытие приходят женившиеся Доблер и Амелия, с четырьмя своими детьми, Б.Э.Н., ставший из навигатора поваром, и Джим, курсант Академии Королевского Звёздного Флота. Начинаются танцы и все предаются беззаботному веселью, а Джим из окна смотрит на небо, где облако складывается в лицо Сильвера и подмигивает ему звездой.